เมื่อเลี้ยงบอนไซในกระถางใหญ่ได้รายละเอียดพอสมควรจนจบหรือใกล้จบแล้วก็สามารถนำมาเลี้ยงต่อในกระถางบอนไซ ซึ่งในการเลี้ยงบอนไซในกระถางใหญ่ เริ่มแรกควรตัดตุ้มไม้ให้บางไว้ตั้งแต่แรก เพื่อเวลานำมาเลี้ยงในกระถางบอนไซภายหลังจะได้ไม่ต้องตัดตุ้มไม้ให้บางใหม่อีก หากตัดตุ้มไม้ให้บางในภายหลังอางทำให้ไม้ตายได้

การนำต้นไม้มาเลี้ยงในกระถางบอนไซ มีวิธิการดังนี้

1.เตรียมกระถางบอนไซโดยเลือกให้เหมาะสมกับบอนไซ ใช้ตะแกรงวางบริเวณบนรูกระถาง ตัดลวดเป็นรูปตัว U ใส่ในตระแกรงให้ปลายลวดเลยออกก้นกระถาง แล้วงอลวด

2.นำดินเผาเม็ดใหญ่หรือถ่านใส่กระถางในชั้นแรก เพื่อช่วยระบายน้ำได้ดี ใส่ดินผสม
ประมาณ ? ของกระถาง

3.แคะดินบริเวณรอบกระถางแล้วดึงบอนไซออกจากกระถาง

4.รื้อตุ้มไม้ให้เล็กลงและบางเพื่อให้สามารถลงกระถางบอนไซที่เตรียมไว้ได้ เด็ดใบออกบางส่วนหรือทั้งหมด

5.นำต้นไม้ใส่ในกระถางที่เตรียมไว้

6.ใส่ดินจนเต็มกระถางอาจจะตกแต่งด้วยมอสหรือดินเผาหรือก้อนกรวดก็ได้