ก่อนที่เราจะวางตำแหน่งกิ่งโครงสร้างหลักของบอนไซเราก็ต้องเลือกหน้าไม้กันก่อน กล่าวคือ ผู้เลี้ยงจะให้ด้านใดของต้นไม้เป็นด้านหน้าของบอนไซ ซึ่งการเลือกหน้าไม้นี้ก็ให้ดูว่าเมื่อมองไปที่บอนไซในด้านใดแล้วไม้สวยที่สุดโดยดูจากโคนต้น ราก และลำต้น ก็เลือกด้านนั้นเป็นหน้าไม้เพื่อวางตำแหน่งของกิ่งโครงสร้างหลักต่อไป

สำหรับในการเลี้ยงบอนไซนั้นจะมีกิ่งโครงสร้างหลักที่สำคัญอยู่ 5 กิ่ง โดยจะมีตำแหน่งของกิ่งที่สลับกันไป ไม่อยู่ซ้อนกันและไม่อยู่ในตำแหน่งที่ตรงข้ามกับกิ่งอื่นโดยกระจายอยู่รอบต้น  ซึ่งจะทำให้บอนไซได้รูปทรงที่สวยงาม ดังนั้นการวางตำแหน่งกิ่งโครงสร้างหลักควรวางตำแหน่งไว้ดังนี้

กิ่งที่ 1 เป็นกิ่งแรกที่อยู่เหนือจากโคนต้นขึ้นไป  การวางตำแหน่งกิ่งนั้นจะวางตำแหน่งกิ่งไว้ด้านซ้ายหรือด้านขวาก็ได้
กิ่งที่ 2 เป็นกิ่งที่อยู่เหนือขึ้นไปจากกิ่งที่ 1 การวางตำแหน่งกิ่งนั้นจะวางตำแหน่งกิ่งไว้ตรงข้ามกับกิ่งที่ 1
กิ่งที่ 3 เป็นกิ่งที่อยู่เหนือขึ้นไปจากกิ่งที่ 2 การวางตำแหน่งกิ่งนั้นจะวางตำแหน่งกิ่งไว้ตรงข้ามกับกิ่งที่ 2 แต่จะเบนออกมาด้านหน้าเพื่อไม่ให้ซ้อนกับกิ่งที่ 1
กิ่งหลัง เป็นกิ่งที่อยู่ระหว่างกิ่งที่ 1 กับกิ่งที่ 2 หรืออยู่เหนือกิ่งที่ 2 ก็ได้ ตามความเหมาะสมของแต่ละต้น การวางตำแหน่งกิ่งนั้นจะวางตำแหน่งกิ่งไว้ด้านหลังของต้นไม้โดยให้กิ่งเบนออกด้านซ้ายหรือด้านขวาก็ได้
กิ่งหน้า เป็นกิ่งที่อยู่เหนือขึ้นไปจากกิ่งที่ 3 การวางตำแหน่งกิ่งนั้นจะวางตำแหน่งกิ่งไว้ด้านหน้าของต้นไม้ แต่กิ่งจะไม่พุ่งออกมาโดยตรงจะเบนออกซ้ายหรือขวาก็ได้